- Gabinete do Prefeito
- Gabinete do Vice-Prefeito
- Procuradoria Geral do Município
- Secretaria de Controle Interno e Transparência Pública
- Secretaria de Administração
- Secretaria de Finanças
- Secretaria de Indústria, Comércio e Gestão de Convênios (SIGECON)
- Secretaria de Turismo (SECTUR)
- Secretaria de Agricultura
- Secretaria de Assistência Social
- Secretaria de Educação, Cultura e Esporte
- Secretaria de Meio Ambiente e Desenvolvimento Sustentável (SEMA)
- Secretaria de Obras
- Secretaria de Saúde
- Secretaria de Transportes
- Secretaria de Planejamento Urbano
- Coordenadoria Municipal de Defesa Civil (COMPDEC)
- Fundação Municipal de Esportes
- Fundação Cultural de Ilhota José Izidro Vieira
- Serviço Autônomo Municipal de Água e Esgoto de Ilhota (SAMAE)
- Instituto de Previdência Municipal de Ilhota (ILHOTAPREV)